Gemeinsame Kontrollinstanzen/Aufsichtsbehörden (GKI/GAB) bildeten ein Modell für die Organisation der datenschutzrechtlichen Überwachung mehrerer IT-Großdatenbanken, die auf europäischer Ebene und für bestimmte im Bereich der Strafverfolgung tätige Einrichtungen betrieben wurden. Sie setzten sich im Wesentlichen aus Vertretern der nationalen Datenschutzbehörden zusammen.
GKI bzw. GAB gab es zum Beispiel für Europol und das Schengener Informationssystem im Rahmen des Übereinkommens von Schengen. Die meisten dieser GKI/GAB wurden jedoch abgeschafft. Zurzeit gibt es noch zwei, nämlich die gemeinsame Zollaufsichtsbehörde, die sich mit Teilen des Zollinformationssystems (ZIS) befasst, und die GKI von Eurojust bis zum Inkrafttreten der neuen Eurojust-Verordnung (EU) 2018/1727.
Das derzeitige Modell sieht vor, dass die Zentraleinheiten dieser IT-Großsysteme vom EDSB und die Nutzung durch die Mitgliedstaaten von den nationalen Datenschutzbehörden überwacht werden. Diese beiden Ebenen arbeiten in der Regel in Koordinierungsgruppen für die Kontrolle zusammen. Die Sekretariate für diese Gruppen werden im Allgemeinen vom EDSB bereitgestellt.
Gemeinsame Zollaufsichtsbehörde
Die durch den Beschluss des Rates über den Einsatz der Informationstechnologie im Zollbereich eingerichtete gemeinsame Aufsichtsbehörde ist für die Überwachung eines Teils des im Rahmen dieses Beschlusses eingerichteten Zollinformationssystems zuständig. Die Behörde kontrolliert die zentrale ZIS-Datenbank, stellt Beratung bereit und kann Fragen im Zusammenhang mit Auskunftsersuchen betroffener Personen prüfen.
Gemeinsame Kontrollinstanz von Europol
Die Operationen von Europol unterliegen der Kontrolle durch die Gemeinsame Kontrollinstanz von Europol, die die Einhaltung der Datenschutzbestimmungen gewährleistet. Zu den wichtigsten Aufgaben der Gemeinsamen Kontrollinstanz gehören unter anderem die Untersuchung von Vorschlägen von Europol für den Austausch personenbezogener Daten mit überseeischen Strafverfolgungsbehörden und Inspektionen bei Europol, um die Einhaltung der Bestimmungen des Europol-Übereinkommens zu überprüfen.
Der Beschwerdeausschuss der Gemeinsamen Kontrollinstanz hat die Aufgabe, Beschwerden gegen die Entscheidungen von Europol zu untersuchen. Die Mitglieder des Ausschusses werden von der Gemeinsamen Kontrollinstanz für eine Amtszeit von fünf Jahren ernannt.